Neo �s Trinity csatlakoznak Morpheushoz a Zionba vezet� �tj�n. Zion az utols� szabad emberek lakta kol�nia, ahol Ne�ra, a kiv�lasztottra �gy tekint a t�bbs�g, mint a megv�lt�ra, az emberis�g utols� rem�ny�re.

Neo �s Trinity szerelme itt v�gre kiteljesedhet, de a rom�nc nem tarthat sok�ig. �tra kell ism�t kelni�k, hogy k�ldet�s�ket beteljes�ts�k, hiszen a g�pek �jabb, a kor�bbin�l sokkal er�sebb serege tart Zion fel�, hogy egy utols� rohammal elpuszt�tsa az ellen�ll�kat.

Neo visszat�r a M�trixba �s felkeresi az or�kulumot, aki elmondja neki, hogy csak akkor mentheti meg az emberis�get, ha eljut a Forr�shoz. A Forr�st azonban csak �gy �rheti el, ha seg�ts�g�l h�vja a Kulcsk�sz�t�t, egy programot, amit egy m�sik, az egyik legr�gebbi program tart fogva: Merovingin.